Том Круз вече не се интересува от сциентологията, чийто привърженик беше дълги години.

От три години актьорът не е посещавал централата на сектата в Ийст Гринстед, въпреки че почти през цялото време е бил във Великобритания на снимки.  

Том Круз се интересува от сциентология от 1986 г., когато е запознат с култа от първата си съпруга Мими Роджърс. Ръководителят на сектата Дейвид Мискавидж е близък приятел на актьора от много години и дори е бил шафер на сватбата му с Кейти Холмс през 2006 г.

За първи път Том Круз започва да губи интерес към сциентологията след брака си с Никол Кидман през 1990 г. Според слуховете именно ръководството на Сциентоложката църква е разрушило брака на актьорите: те не били доволни от отказа на Кидман да се присъедини към църквата. Въпреки това двете им осиновени деца, Изабела и Конър, остават да живеят с баща си и се придържат към същата религия, което се отразява на отношенията им с майка им.

През 2006 г. Круз се жени за актрисата Кейти Холмс и по-късно им се ражда дъщеря Сури. През 2012 г. Кейти Холмс подава молба за развод и иска пълно попечителство над дъщеря им. Причина за раздялата става и страстта на актьора към сциентологията.

Привържениците на Сциентоложката църква вярват, че човекът е духовно същество, което живее повече от един живот. В някои страни сциентологията е официално призната за религия, като редица учени я определят като псевдонаука, докато други я описват като "научна религия" или религиозно учение, основано на "гносис", т.е. духовно познание.